L'explication la plus plausible est que l'agate doit son nom à la Sicile. Il y a là-bas un fleuve appelé Achates, et l'on suppose que des naturalistes grecs y ont trouvé cette pierre. Cet événement s'est probablement produit vers 400 av. J.-C., et les Grecs ont voulu honorer le fleuve en nommant la pierre ainsi.
Cependant, cela ne signifie pas que les humains n'utilisaient pas l'agate bleue auparavant. De plus, nous savons que les Égyptiens et les Romains de l'Antiquité avaient de fortes croyances quant au pouvoir des cristaux. Ils connaissaient donc probablement la puissance de l'agate bleue. Les civilisations antiques plaçaient probablement cette pierre précieuse sur des bracelets, des colliers et autres bijoux. Certains souhaitaient mettre en valeur la beauté de l'agate, tandis que d'autres appréciaient son effet apaisant et son influence positive sur la clarté mentale.
Nous avons la preuve que l'agate bleue était utilisée dans les œuvres d'art médiévales. Les nobles et les riches payaient cher pour des intailles ornées de cette pierre précieuse, et en posséder une était une marque de prestige.
La géologie doit beaucoup à Georgius Agricola, qui a décrit pour la première fois l'agate bleue au XVIe siècle. Son ouvrage, intitulé De Natura Fossilium, détaille l'agape, lui conférant une place essentielle dans cette science.